早在李时珍时代中国就开始研究中华穿山甲。中华穿山甲最初被归类于贫齿目，但后续研究发现其独特性，遂将其单独列为鳞甲目。豆市荣等利用中华穿山甲线粒体基因组全序列（NC016008）及GenBank中下载的30种哺乳动物线粒体基因组全序列共31个样本进行系统发生分析。结果显示，中华穿山甲与食肉目动物构成姐妹支，这一发现为穿山甲独立成目提供了坚实的分子遗传学证据。考虑到中华穿山甲已划分为三个亚种，这进一步支持了当前三个亚种之间可能已达到种间水平的观点。

中华穿山甲体型较小，头身长40至58厘米，尾长25至38厘米，体重3至5千克；脑颅大，头呈圆锥状，上面长着一对小眼睛，一对瓣状而下垂的筒状小耳朵和一个尖的嘴；吻细长，吻端裸露呈肉色，无齿，舌长达2cm，能自由伸缩舔食。体形狭长，呈半筒状。肛门之下方具一凹陷，尾端下方有一裸露小区。雄体肛门后有凹陷，外生殖器明显。中华穿山甲成年雌雄个体比较，雄性的体重、头体长、尾长、体全长均比雌性的略大，雄性比雌性粗壮，除体重差异显著外，其他均不显著。

四肢强健；足具五爪，趾端有坚而锐的爪，前足第 3 趾的爪特长，行走时前爪背着地。

全身披以覆瓦状排列的、像鱼鳞一般的硬角质厚鳞片，鳞片长呈半圆形并且与体轴平行，全身约有560～688片。鳞片为黑褐色或灰褐色，但老年个体边缘呈黄褐色或橙褐色，幼兽尚未角化的鳞片呈黄色。背部隆起，鳞片呈菱形且鳞片约为15～16片／列，腹侧带棱脊鳞片约3列。前肢从远端到近端鳞片呈背后方斜行排列，而后肢则从近端覆盖排列。尾巴呈扁平状，尾背鳞约18片／列，尾巴上另有纵向鳞片9～10片。

两颊、眼、颏及喉不披鳞，而披以黄白或红棕色的稀毛；在披鳞的部位各鳞片之间，有黄棕色硬毛，5～6根成丛的伸出鳞外； 下颌、胸、腹、尾基部和四肢内侧无鳞而有稀毛，绒毛极少。

中华穿山甲主要栖息于原始和次生热带森林、石灰岩地区、竹林、阔叶林和针叶林、草地以及农田等地带。选择的洞穴往往位于土层松软、相对湿润、有机质丰富的黄壤土中。

中华穿山甲的洞穴均为盲洞，无分支，根据季节的不同，可分为冬洞和夏洞。冬洞通常筑于背风向阳、地势较低的地方，深达10米，结构复杂如葫芦状，内部铺有细软杂草以保暖和育婴，多建于冬春季。夏洞则相对较浅，多建于夏秋两季，通常筑在通风凉爽、地势较高的山坡上，其洞穴具有30°至60°的坡度，坡向多偏南，以便在冬季保持一定温度。

中华穿山甲的栖息位置与水源、白蚁或蚂蚁的巢穴位置密切相关，同时偏好低海拔、遮蔽物多、隐蔽性强的地点。在南部和西部地区，中华穿山甲主要分布于高海拔地区，而在香港等地则多见于较低海拔。与其他穿山甲种类如爪哇穿山甲（Manis javanica）在分布上有重叠，但两者在栖息地选择上存在差异，中华穿山甲通常栖息于丘陵和山区，而爪哇穿山甲更多见于低海拔地区。这两种穿山甲在森林中可以共存，其主要区别在于饮食和栖息地的使用，而非仅由海拔差异决定。

中华穿山甲分布在中国、不丹、印度、老挝、缅甸、尼泊尔、泰国和越南。

在中国，中华穿山甲曾广泛分布于长江以南的18个省份，现今主要分布于长江以南的广大区域，包括四川、贵州、云南、安徽、江苏、浙江、江西等地，并延伸至台湾，其最高分布海拔可达2000米。香港地区则主要分布于新界中部和东北部以及大屿山。

在尼泊尔，它们栖息于喜马拉雅山麓，栖息地海拔范围从低海拔的555米至高海拔的3000米，主要分布于东部、中部和中西部区域，特别是在受人类活动影响的地区。尼泊尔的多处自然保护和公园区域，如坎钦琼加保护区、Chitwan国家公园等，都记录到中华穿山甲的存在。

在东南亚，中华穿山甲也广泛分布。在越南，它们主要栖息于北部和中部地区，从河江省延伸至广治省。在缅甸的北部地区，尽管具体分布尚不清楚，但有记录显示其可能在北部有广泛分布。泰国北部地区，如清迈府的因他农山和素贴山等地，也有少量记录。

此外，中华穿山甲还分布于孟加拉国的北部、东北部和东南部，与缅甸和印度的边境地区相接。在老挝的北部和中部地区也有记录，但具体分布范围尚未明确。在不丹，它们主要分布于南部地区，但也可能在中部和西部有所分布。

中华穿山甲是一种狭食性动物，无牙齿，以细长舌头捕食，并吞食小砂石研磨食物。中华穿山甲以白蚁和蚂蚁为主要食物，其中白蚁占全年食物总量的三分之二，有时也以蜜蜂、苍蝇等昆虫的幼虫为食。中华穿山甲的食物选择还随着季节变化而有所调整。中华穿山甲夏季主要以地表活动的蚂蚁为食，而冬季则主要以地下巢穴中更丰富的白蚁为食。

中华穿山甲生性胆小，是独居动物，除交配期外很少与其他穿山甲一起生活，常常昼伏夜出。中华穿山甲会爬树和游泳，但大多时间都在地下穴居生活，夜行性物种。

中华穿山甲擅长挖掘洞穴，能够自主挖掘洞穴，或利用白蚁留下的通道进行扩展。在孟加拉国，一只穿山甲一晚能挖掘多达15个洞穴，专家推测这些洞穴主要用于觅食，而它们的主要居住洞穴深度可达10米。中华穿山甲使用两种类型的洞穴：觅食洞穴和居住洞穴。觅食洞穴主要是为了捕食地下的白蚁而挖掘的，这些洞穴通常只被使用一次。在森林和较开放的栖息地之间，觅食洞穴的使用频率并无显著差异。居住洞穴用于庇护和休息、越冬、抚养幼崽、躲避天敌和恶劣的气候等，是中华穿山甲最重要的庇护所。研究还发现，像印度穿山甲一样，中华穿山甲会在居住洞穴内筑起土墙，可能有助于避免捕食者。

成年雄性穿山甲个体在其活动范围内有约 80 个栖息洞穴，而雌性则有约 30-40 个，活动范围相对较大。在台湾台东地区，一只雄性穿山甲的活动范围估计为96.0公顷或66.6公顷，雌性的活动范围为14.3-30.3公顷或15.9-19.6公顷。

中华穿山甲是一种特化物种，视觉能力相对较弱，但嗅觉却异常灵敏。这种独特的能力使得穿山甲能够轻松发现蚁巢。一旦定位到蚁巢，穿山甲会向蚁巢内喷射气体，引起蚂蚁的恐慌并释放蚁酸。通过气体返回的时间和蚁酸的浓度，穿山甲能够精确判断蚂蚁窝的深度。之后它便利用自己强有力的前爪掘开蚂蚁窝，迅速获取食物。

中华穿山甲性情比较机警胆小，当它受到外界惊吓或遇到危险时，会立即采取防御措施，就地蜷缩成球形，用坚硬的鳞片将头部及柔软的腹部紧紧包裹起来，以保护自己免受可能面临的危险。此外，中华穿山甲还有一种“强直静止”的防御机制，即当它感知到天敌或其他物种的存在时，它会立即停下来不动，并判断与它们的距离，随即蜷缩起来或等到时机成熟便会迅速逃离或躲于草丛、洞穴中。

关于中华穿山甲的寿命，虽然目前所知甚少，但有记录显示有一只被圈养的中华穿山甲在存活了15.3年后仍然健在。

中华穿山甲繁殖期长，几乎一年四季都在繁殖，发情期雌雄同住，多为一雌一雄。中华穿山甲交配期主要集中在夏秋两季，此时穿山甲活动范围会扩大，常常翻山越岭、涉涧渡河、穿越农田和村庄，留下气味和痕迹，以引诱雌性。这一行为俗称“放骚”。

在人工繁殖条件下，穿山甲每次交配的开始时间主要是在天黑以后，其中大部分是发生在进食后，一般是进食后才开始进行交配行为。

交配时间多发生在清晨或傍晚，地点在洞外，每次交配时间大约持续3至5分钟。交配时，雌雄穿山甲会侧卧在地面上，四肢紧抱，头部相互摆动，尾巴扭在一起。

中华穿山甲多在冬季繁殖。野生中华穿山甲的哺育期为157天，每胎一到两只幼崽。

中华穿山甲指名亚种的妊娠期至少为68天。而华南亚种的孕期至少有101天，通常在冬末春初产仔。

雌兽在哺育幼仔期间，会有固定的洞穴，这时雌兽一般会把洞穴建在较隐蔽处，洞道深且内有宽敞的窝巢并有铺垫。

幼穿山甲在11周龄时开始单独离开哺育洞穴但通常会骑在成年雌性的背上。当母亲离开洞穴时，幼穿山甲也会自行进行探索。在哺育期，幼穿山甲的生长速度相当迅速。据估计，其生长速度每周可达1.2厘米，这一速度远超过了人工饲养个体的记录（每周0.7厘米）。

2019年中华穿山甲被列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》极危(CR)保护动物；同年被列入《濒危野生动植物种国际贸易公约附录Ⅰ、附录Ⅱ和附录Ⅲ》(CITES)2019年版附录Ⅰ。

2020年6月3日，为进一步加大对穿山甲的保护力度，中国将穿山甲属所有种由国家二级保护野生动物提升至一级。

2021年2月5日中华穿山甲被列入中国《国家重点保护野生动物名录》一级。

中华穿山甲的种群水平在全球范围内都面临严重挑战，由于其隐秘、独居且夜行性的特性，加之过度捕猎的影响，关于其具体的种群数量信息极为有限，且相关研究相对匮乏。

作为中华穿山甲的主要分布国家，中国的种群数量已显著减少。特别是在1960至1980年代，高达每年16万只的捕获量，使得该物种在1990年代几乎达到商业性灭绝的边缘。尽管后续实施了多项保护和恢复措施，但种群恢复情况仍不容乐观。据数据显示，在2008年中华穿山甲数量可能在2.51万至4.945万只之间。在一些关键地区如广西、云南边界，以及大武岭、罗浮山等自然保护区，中华穿山甲已极为稀少，甚至可能已灭绝。

台湾地区的中华穿山甲指名亚种，在1980至1990年代因过度捕猎而遭受重创。然而，自1989年实施《野生动物保护法》后，穿山甲的消费显著减少，为其种群恢复创造了条件。目前，台湾南部的穿山甲密度较高，但整体种群数量仍面临挑战。

在越南，中华穿山甲的种群数量已降至极为稀少的境地。尽管过去在多个自然保护区有记录，但近年来其数量已明显锐减，特别是在近二十年间。

老挝的野外目击记录显示，中华穿山甲数量稀少，主要源于过度捕猎。尽管在一些保护区内曾有少量记录，但关于其当前种群状态的信息仍然有限。

在孟加拉国，中华穿山甲在东南部可能已经消失，而在吉大港丘陵地区仍有少量存在。由于偷猎活动的加剧，整体种群数量被认为在持续下降中。

尼泊尔曾拥有相对良好的中华穿山甲种群，但过度捕猎已导致其种群数量持续下降。尽管一些自然保护区中仍有其踪迹，但种群恢复仍面临挑战。

关于中华穿山甲在泰国和缅甸的分布情况，目前信息较为匮乏。不过，在缅甸北部的克卡博拉齐国家公园，有相关的种群记录。

中华穿山甲面临的主要威胁是无差别的捕猎和偷猎活动。这些活动包括有针对性的和无针对性的捕猎，旨在满足本地和国际市场的需求，特别是来自中国的需求。这种无节制的捕猎导致中华穿山甲在其大部分分布区域内被大量捕获。历史上，中华穿山甲因其营养、药用和精神用途而被当地居民所利用。然而，随着对其经济价值的认识增加，当地居民更倾向于将其投入到国家和国际贸易中，而非本地使用。

中华穿山甲具有一种独特的“强直静止”防御机制。当感知到天敌或其他物种的威胁时，它会立即停止活动，判断与威胁的距离，随后可能蜷缩身体或等待时机逃离。尽管这种机制对天敌极为有效，但对于人类捕猎者来说却成为了一个致命的弱点。由于人类可以轻易地徒手捕捉静止不动的中华穿山甲，因此中华穿山甲遭受了大量猎杀，种群数量急剧下降。

在中国和越南，穿山甲肉因其特有的美味而备受追捧，成为了一种奢侈的野味食品，吸引了许多消费者不惜支付高昂的价格来品尝。此外，中华穿山甲的鳞片在传统医药领域扮演着至关重要的角色，被广泛用于治疗各种疾病，如皮肤病、改善血液循环以及促进哺乳妇女乳汁分泌等。在中国，这些鳞片甚至被用于治疗更为严重的疾病，包括癌症，它们通过指定的医院和传统药店进行销售。

为了规范穿山甲鳞片的市场交易，中国政府自2009年起开始从政府库存中释放经过认证的鳞片进入合法市场。这些鳞片通过严格的认证系统进行质量把关，以确保其合法性和安全性。然而，尽管有这样的举措，但非法贸易和药店中的非法销售仍然屡禁不止，给中华穿山甲的生存带来了严重威胁。

据统计，从2004年至2014年的十年间，全球约有100万只穿山甲被偷猎和贩卖，这一数字占到了所有非法野生动物贸易的20%，使穿山甲成为全球非法贩运最多的哺乳动物之一。

从 2004 年至 2014 年，全球有 100 万只穿山甲被偷猎和贩卖，占所有非法野生动物贸易的 20 %，成为全球被非法贩运最多的哺乳动物之一。

中华穿山甲还面临着栖息地丧失和破碎的严重威胁。这些威胁主要来源于基础设施建设、特别是水电站和矿山等重大开发项目的推进。同时，农药的广泛使用也对穿山甲的生存环境造成了破坏，导致其栖息地的质量下降，进一步加剧了种群的生存压力。

在台湾和香港地区，中华穿山甲并未面临如其他地区那样严重的捕猎和偷猎威胁。在这些地方，主要的威胁来源于野狗的捕食、道路交通事故，以及因城市或商业开发导致的栖息地变化。

特别是台湾，研究发现，中华穿山甲有时可能会不慎被困在洞穴或树洞中，这种情况可能直接导致其死亡。此外，它们也偶尔会被误触的捕兽夹所捕获，从而面临生命危险。

该物种列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》（CITES）2019年版附录一，2000年为主要用于商业目的的野生捕捞标本建立了零出口配额（Co P11）。它在所有分布的国家均立法为受保护的物种（不丹除外）。

在孟加拉国，该物种在2012年被列入野生动物保护和安全法案的保护。

在中华穿山甲被列入“中国国家野生动物保护法”Ⅱ类保护物种（1989年）。它还列入“实施保护陆生野生动物条例”（1992年）和“濒危野生动物和植物濒危物种进出口管理条例”（2006年）。在2000年得到进一步保护，这两项司法解释确定了专门惩罚涉及穿山甲贩卖罪行的标准。同样，中国国家机构在2007年发布的通知加强了对传统药物包括穿山甲物种的监管，意味着穿山甲的狩猎许可证将不再被签发，已有的穿山甲称重入库，库存将被验证、认证，库存货物受试者仅通过医院等指定网点进行零售业务。

2020年版《中国药典》（第一部）中，穿山甲未被继续收载。

2020年7月，中国成立国家林草局穿山甲保护研究中心，统筹国内外穿山甲保护科研力量，提高穿山甲保护科研水平和救护、医治等方面能力，并开展野外监测、栖息地修复、疾病防控、放归自然等科学研究工作。截至2023年9月仅在广东就布局建设野外科学研究台站4个，长期固定监测点20个。

作为现存唯一的鳞甲目哺乳动物，穿山甲主食白蚁和蚂蚁，而中华穿山甲对穴居于地下深处的白蚁具有决定性的种群控制能力，所以又被称为“森林卫士”。穿山甲每年最多能够吃掉大约700万只白蚁和蚂蚁。在一片面积约350亩的森林中，只要有一只中华穿山甲存在，就可以有效控制白蚁种群。

中华穿山甲的科研价值不仅在于其独特的繁殖生态学特性，也在于其在群落生态学中的独特地位。未来的研究将有助于我们更深入地理解这一珍稀物种，为其保护提供科学依据。