蜀汉建兴三年（225）诸葛亮平定西南，分建宁、越隽、永昌三郡地置云南郡，郡治云南县（今云南祥云县云南驿镇），辖云南(今祥云、弥渡)、蜻蛉(今永仁及大姚北部)、弄栋(今大姚南部及姚安)、姑复(今华坪)、遂久(今永胜、丽江)、邪龙(今巍山、漾濞、南涧)、叶榆(今大理、剑川、洱源、鹤庆)7县，隶属庲降都督府地。晋初，改庲降都地置宁州，云南郡属宁州。

泰始六年（270），云南郡领县增加云平、永宁两县，一共9县。永嘉五年(310)分云南郡之叶榆县设东河阳郡。建始年间又分云南郡之蜻蛉，弄栋2县归兴宁郡，至此云南郡领云南、东姑复、西姑复、云平、邪龙5县。

咸和八年(333)蜀李雄占据宁州，立建宁国，云南郡属建宁国。

建元元年(343)，李氏置汉州，云南郡属汉州，东晋后期长期纷乱，西南爨氏乘机霸占南中(西南地区)，自袭宁州刺史，历晋末，南、北朝至隋初，袭西晋旧制，云南郡属爨西地。