明代洪武初年，仪凤门始建。因卢龙山麓有龙凤呈祥地势（风水），故建有钟阜门（向东）、仪凤门（向西）两座城门。因为地处长江南岸，卢龙山下，仪凤门是进入南京城的要道，明朝的南京在筹建都城初期时规划城北范围为军屯区，军事位置十分重要。史书记载朱元璋在修建此门时曾下令：毋得役民，因此这座城门完全是由南京守军自己修筑的。

明朝成化年间，由于南京守备兵力不足，遂将仪凤门、钟阜门堵塞。

清朝顺治十六年（1659年），梁化凤开仪凤、神策二门，出兵奇袭围城的郑成功军队得胜，此后仪凤门得以重建。清朝仪凤门为单孔城门，上设两层箭楼。

清朝顺治十六年（1659年）六月，南明抗清名将郑成功“由崇明入江……七月，直薄金陵”。清军两江总督郎迁佐一面四处求援，一面采取缓兵之计麻痹郑成功所部。结果，郑“营不整，僬苏四出，军士浮后湖（今玄武湖）而嬉”，从崇明一路赶来增援江宁城防的清军总兵梁化凤在神策门城墙上发现这一情况后，遂悄悄拆除神策门、仪凤门的堵塞物，并“领劲骑五百，夜出神策门，先捣白土山，破其一营”。之后，梁化凤将全城守军兵分四路：其中一路出仪凤门，切断郑军水陆两军的联系，并攻击郑军的海船。结果，郑军“大溃”，损失海船500余艘，而郑成功仅带少数人乘船退回厦门。