1995年，获得国家杰出青年科学基金资助。

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1996年—1998年，担任北京大学数学研究所副所长。

1998年—2008年，担任北京大学数学科学学院院长。

2019年11月，当选为中国科学院院士。

2020年，作为开讲嘉宾参加中国青年电视公开课节目《开讲啦》；同年，担任南方科技大学讲席教授，杰曼诺夫数学中心执行主任。

2020年6月29日，担任中俄数学中心主任。

张继平于20世纪80年代早期应用有限单群分类世纪大定理做出一定成果，第一个给出了亏零P—块的充要条件，解决了Brauer39问题，与人合作解决了Brauer40问题。发展了群的算术理论，进而解决了Huppert猜想和共轭类长猜想等长期未解决的难题，并在数域的Dededkind--Zeta-函数和黎曼流形上的Laplace-Beltrami算子等谱问题研究中得到应用。他还对可解群解决了S3—猜想，证明了新的p—幂零准则，并在融合系和模表示论范畴化等方面做出重要结果。他及其学生在模表示论国际前沿焦点问题—Alperin权猜想归纳条件做出领先成果。

2019年2月，张继平与菲尓兹奖得主埃菲·杰曼诺夫在南方科技大学杰曼诺夫数学中心组织了国际代数会议。

张继平在北京大学主讲课程《抽象代数》《Group repsentation》《多尺度物理问题的讨论（Discussion on Multiscale Physical Problems）》。

1998年，张继平出任北京大学数学学院院长，制定了“培养新一代世界领先的数学家，再造北大1954级的辉煌”的目标。他于1999年和北京大学出版社合作，开始大规模的教材建设，作为“北京大学数学教学系列丛书”主编，已经出版了50余本（套）精品教材。接着，从1999年9月开始开设低年级讨论班，张继平亲自指导低年级讨论班，并选出部分有才华的青年教师出力，带领学生们阅读一些略带科普性、但有思想性的数学论文或著作，最初由老师讲，很快就让学生们自己讲、自己找题目、自己组织。张继平想方设法利用一切可能创造接触数学前沿的机会，每年暑期特别聘请国际一流的数学家来北大数学学院开设前沿课程，例如美国普林斯顿大学的田刚教授和鄂维南教授开设“特别数学讲座”“计算数学讲座”，哈佛大学的刘军教授开设“统计学讲座”等，开阔了学生们的眼界。

张继平于1998年至2008年任北京大学数学科学学院院长，为学院学科建设和新一代数学拔尖人才培养做出重要贡献。（北京大学数学科学学院评）

张继平在有限群表示论研究取得杰出成就，他制定和实施的创新人才计划培养出包括 数学黄金一代在内的世界一流人才。（东南大学科研院评）

张继平作为南方科技大学杰曼诺夫数学中心的核心成员，他为中心的建立和建设做出了杰出的贡献。（南方科技大学杰曼诺夫数学中心评）

张继平在有限群及模表示论的研究中取得杰出成就，是具有重要国际影响的数学家。担任北京大学数学科学学院院长期间，带领学院完成若干项历史性重要“工程”，为建设世界一流数学学科做出重要贡献；胸怀大局，躬耕教学，打造了广为人知的北大数学“黄金一代”，培育了一批世界领先的青年数学家。（人民网—北京频道评）