曹汝霖自1917年7月任交通总长以来，与次长叶恭绰极不相能，百般倾轧，终排之去，遂于1918年10月引曾毓隽为次长，两人均感不啻水乳交融。翌年5月15日，曾继詹天佑之后兼任汉粤川铁路督办。1919年五四运动爆发，曹汝霖被迫辞职，曾于6月10日代理部务。曾毓隽一朝得势，搜罗巨款供给党费，手腕之灵活尤过于曹，安福系奉其为财神。

曾毓隽自任交通总长后，飞扬跋扈，伙同徐树铮挪用部款两千万元之巨。11月25日，曾毓隽与英国中英公司代表梅尔思签订借款为二百万元《湘鄂二百万元借款函约》，以京奉铁路余利为担保。此款用作湖广铁路湘鄂局订购机车十二辆、货车九十辆及就地各项开支。

1920年元月，继山东学潮之后，相继在天津、北京又发生声势浩大的学潮。起因是学生抵制日货，遭到当地军警的镇压。31日，北京各校学生万余人冒雪游行示威，2月5日，曾毓隽、徐树铮、王怀庆、吴炳湘及日本有关官员等在北池子日人大仑宅开会，共同决定严厉取消学潮，当晚将所捕去学生四十三人移交卫戍司令部收押，不允许亲友探望。

直皖战争前夕，徐世昌为寻求避战之法，电召张作霖、曹锟、李纯入都磋商。6月8日，安福系骨干在太平湖集会，讨论上海和会及应付徐世昌的办法。曾毓隽在奉天会馆大兴土木，粉饰一新，准备做张作霖的行馆。在张抵京之日，安福系主要成员于曾毓隽宅内会议，决定以副总统一席为交换张作霖严守中立的条件，方有战胜直系的把握。但张对皖系的感情态度冷漠，对6月20日徐树铮拜会托故不见，更未住进奉天会馆，而是下榻于奉军司令部，使曾毓隽和徐树铮甚为难堪。6月22日，张作霖抵达保定，受到曹锟热情款待，吴佩孚及苏、鲁、赣、豫等七省代表为张设宴接风，席间讨论时局，提出五项条件，其中就有解散安福系、罢免安福籍三总长等内容，请张作霖带回北京。

为筹措战费，曾毓隽以京绥铁路为抵押，向日本借款五百万元，后因英、美干涉作罢。旋又向日本三井洋行借款一百万元，为边防军开拔费。直、皖两派之争经张作霖入京调停，段初愿让步，嗣因曾毓隽不得其位，对此巨款无法报销，乃立主筹措战费，怂恿徐树铮备战。直皖交兵，曾毓隽遂饬京汉、京奉各路尽其所有，立即解京。因之，曾之罪不亚于段、徐。直皖战后，直、奉两系控制了北京政权。7月29日，徐世昌下令通缉安福系祸首，徐树铮、曾毓隽等十人分别褫夺勋位官职。曾先后躲入日本驻华公使馆、天津日租界，最后流亡日本，其财产被抄，损失甚巨，但所剩仍很可观，据不完全统计，曾的各种私产折合计三百万元。一年后通缉令取消，曾毓隽一度意志消沉，暂时离开政界。

曾毓隽销声匿迹有年，忽于1923年1月13日入奉会见张作霖，段祺瑞的姻亲吴光新同行。1924年秋，在鏖战的直奉大战中，直系将领冯玉祥发动北京政变，使直系迅速溃败而结束战事。北方实现了段祺瑞、张作霖、冯玉祥三派联合而又互相猜忌争夺的局面。冯玉祥受革命潮流影响，电邀孙中山北上商讨和主持解决时局问题。孙中山应邀北上，但行抵途中，北京已成立了以段祺瑞为首的临时执政府，冯玉祥一派渐被排斥。其时，段之左右多以为段任执政是皖系东山再起的好机会，然而曾毓隽对此并不持乐观态度。他认为张、冯、段之联合乃权宜之计，不会持久，段的地位也不会巩固。因此，曾毓隽态度消极，未出任要职，仅挂一总参议虚衔。

1937年7月全面抗战爆发后，日本人不断威胁利诱曾毓隽去南京组织伪临时政府，曾既不敢回绝，又不甘心附逆当汉奸，乃偷偷潜出，辗转于香港、重庆、昆明、上海等地，最后又回到天津，终未为日伪做事，保持了民族气节。

中华人民共和国成立后，曾毓隽被聘为中央文史研究馆馆员，并加入中国国民党革命委员会，居住在天津市河西区荣华里，安度晚年。1967年，曾毓隽辞世。

曾毓隽作有《辛丑（1901年）出山别诸亲友》诗：“秋风已老露为霜，客子行行欲远将。誓墓忽乖心所愿，奔波敢畏道之长。只身听鼓行羌土，中表分襟到汉阳。相约年年酬唱句，一函邮寄趁花黄。”

高祖父：曾晖春

曾祖父：曾元炳

祖父：曾兆鳌

父亲：曾宗诚

曾毓隽在北洋政府统治时期，不仅仅是普通的一个部的总长，而是段氏皖系能左右中国政局的一个谋主。正如蔡登山先生主编的《北洋军阀（一）雄霸一方》中说的：“皖系以段祺瑞为领袖，徐树铮、曾毓隽为谋主。”段祺瑞一生“三造共和”；徐树铮生前曾收复外蒙古；曾毓隽1923年4月8日幕后策动和领导的中国海军“沪队独立”，得到了孙中山先生的支持。他们对中国近代史进程的影响，各有千秋。但是段的“三造共和”背后，也离不开徐与曾的出谋划策。曾为福州人杰，是毫无疑问的。