永历元年（1647年），永历帝驻武冈，七月，清兵破宝庆，直趋奉天城下。明锦衣卫指挥使、文安伯马吉翔护送马太后及王皇后撤退。

永历二年（1648），马吉翔和庞天寿为了讨好张献忠的义子孙可望，，立孙可望之女为皇后，提议废黜王皇后，被永历帝否决。 十三年（1659）正月，永历帝逃亡缅甸，宫中的贵人、宫女、大臣妻女感到末日将近，纷纷悬树自尽，史载死的人“累累如瓜果”。每当听到这些不幸的消息，王皇后便哭着对身边人说“我不是没有节气的人，但我还有马太后需要照顾。我若死了，皇上和太后怎么办。我不能死”。她当时也得了重病，但一直拖着重病之躯勉强支撑着残局。

十六年（1662）二月，缅甸为讨好清朝，将永历帝献给平西王吴三桂。在被清军押解的途中，王皇后与马太后自相扼喉而死，以身殉国，延平王郑成功上谥号为孝刚匡皇后。