正光末年，北魏六镇之乱，窦善随着父亲窦略、弟弟窦炽到定州避难，失陷于葛荣。葛荣想要授予窦略官职，窦略不接受。葛荣怀疑窦略有异心，将窦略留在冀州，让窦善和窦炽跟随自己的军队。窦善投靠北魏，官至中军大都督，封南城县公。

永熙三年（534年）七月，孝武帝元修将要西迁关中，窦善和弟弟窦炽重新回到洛阳城下，与武卫将军高金龙在千秋门交战，击败对方，进入宫城，夺取御马四十匹以及马鞍，进献给孝武帝。孝武帝大喜，赐给窦善和窦炽每人两匹骏马，十匹劣马。

之后，窦善进入西魏，担任太仆、卫尉卿、汾华陇三州刺史，关至骠骑大将军、开府仪同三司，封永富县公，死后谥号为忠。