在汉桓帝后期，中常侍管霸与苏康排挤陷害忠良，阿谀奉承汉桓帝，大司农刘祐、廷尉冯绲、河南尹李膺皆受二人陷害而被惩处，酿成了东汉第一次党锢之祸。

建宁元年（168年）五月日食，窦武采纳陈蕃的建议，劝说窦妙将所有宦官全部诛杀废黜，“以清朝廷”。窦妙认为宦官自古已有，不可全部废黜，诛杀有罪的宦官即可。于是窦武劝窦妙逮捕“专制省内”的中常侍管霸、苏康，窦妙同意，于是管霸、苏康均被下狱处死。

学者指出，管霸、苏康之死，还与当初“苦谏”事件忤逆了窦妙有关。桓帝新崩，窦妙便对其宠妃田圣痛下杀手，继而又要诛灭所有贵人。管霸、苏康在此时苦谏，方得罢休。二人所说内容，今已不可考，但从“苦”字来看，足见劝说之艰难，更见窦后怒火之盛，决心之深。虽然窦后最终强行熄灭了怒火，但可想而知，窦后对这样的结果定然不会满意，管、苏很有可能因此得罪窦后。从后文看，窦武向窦后提出诛杀管、苏的建议率先得到执行，但诛杀曹节等的建议却令窦后犹豫不已，这其中很难说没有裹挟着窦后对管、苏二人的私恨。

在杀掉宦官管霸、苏康后，窦武又劝窦妙诛杀曹节等人，窦妙犹豫不决。

不久，陈蕃上疏指出宦官郑飒、王甫、曹节等人与各个女尚书“并乱天下”，然后质问窦妙：“陛下您摄政之初顺应天意诛杀苏康、管霸等宦官，致使天地清明，人鬼欢喜，为何几个月后又纵容宦官了？”于是劝窦妙诛杀宦官郑飒、侯览、曹节等，罢黜女尚书。由于女尚书与宦官是窦妙的左膀右臂，清退他们就等于自断双翼，从而导致被士族架空，因而窦妙没有采纳陈蕃的提议，朝廷闻者无不震恐。陈蕃便与窦武合谋发动政变诛杀宦官。

学者毕汉斯指出：“（窦武、陈蕃）两人对太后施加压力，但她坚定地拒绝把宦官作为牺牲品。就她而言，这不是利他主义，只要她希望保持与皇帝完全一样的政治自由，这样做是冷酷的需要。”

建宁元年（168年）八月，太白金星犯上将星，侍中刘瑜上书劝窦妙关闭宫门，又与窦武、陈蕃写信，以“星辰错缪，不利大臣”为由，让他们速断大计。于是窦武、陈蕃私自任命朱寓为司隶校尉，刘祐为河南尹、虞祁为雒阳令。窦武又上奏窦妙革除黄门令魏彪（宦官的总管）的官职，并用亲近自己的小黄门山冰接任黄门令之职，继而让山冰上奏逮捕长乐尚书郑飒（在窦妙所居长乐宫当差的宦官），押送到北寺狱。陈蕃对窦武说：“此曹（指郑飒）就该直接杀掉，何须拷问！”窦武不听，让黄门令山冰与尹勋、侍御史祝瑨一同拷打盘问宦官郑飒，郑飒供出了曹节、王甫等宦官。黄门令山冰与尹勋当即上奏逮捕曹节、王甫等人，并让刘瑜内奏。

建宁元年（168年）九月辛亥，窦妙之父窦武离开皇宫，回到大将军府。相关人员把窦武的奏疏送往窦妙所居的长乐宫，交到了长乐五官史朱瑀的手上，并由朱瑀转交给太后窦妙。然而朱瑀看到窦武的奏疏后，大骂道：“不守规矩的宦官自然可以诛杀，但我们这些无辜的宦官有什么罪，竟然都要遭受灭族之灾！”继而高呼道：“陈蕃与窦武奏请太后废帝，这是大逆！”于是朱瑀在夜里与王甫、曹节等十七个关系好的宦官结盟，投靠汉灵帝，并说服汉灵帝改任王甫为黄门令。由于此时太后窦妙尚未还政于汉灵帝，汉灵帝手中无天子玺绶，尚书台的官员不肯听命制作诏书。于是宦官们拔刀胁迫尚书台的官员作诏书，正式任命王甫为黄门令，持节到北寺狱，逮捕窦武任命的黄门令山冰。山冰怀疑，不肯奉诏，王甫便格杀山冰，放出郑飒，带兵劫持太后窦妙，夺取天子玺绶送往汉灵帝手中。

汉灵帝诏书中说“窦氏不道”，并让宦官郑飒等人传旨逮捕窦武。然而窦武抗旨，不肯奉诏，便骑马来到步兵营，与侄子步兵校尉窦绍共同射杀了所有前来传旨的宦官。继而召集北军五校数千人驻扎洛阳都亭，下令说：“黄门、常侍造反，尽力者封侯重赏！”陈蕃听闻此事后，率领属官拔刀攻破承明门，来到尚书台，高呼：“大将军忠以卫国，黄门叛逆，何云窦氏不道！”王甫正从尚书台出来并与陈蕃相遇，说：“先帝新弃天下，山陵未成，窦武有何功劳，兄弟父子并封三侯！又设乐饮宴，多取掖廷宫人，数日之间，聚财巨万，这样的大臣难道不是不道吗？您身为宰辅，与他结党，又何必贼喊捉贼！”便让剑士逮捕陈蕃，押送北寺狱诛杀。

当时护匈奴中郎将张奂被窦妙征回京师洛阳，不知内情，听信宦官曹节之言，以为窦武造反，便率兵协助王甫讨伐窦武。在激战一夜后，窦武兵败自杀。

窦武自杀后，窦妙被汉灵帝迁往南宫云台居住，其家属都被流放日南郡比景县。

建宁二年（169年）初，汉灵帝将亲生母亲董氏迎入宫中，称孝仁皇后，居住于永乐宫。

当年四月，御座上出现青龙。大司农张奂先前被曹节所骗，参与诛杀窦武，深以为耻，趁机上疏“皇太后虽居南宫，而恩礼不接，朝臣莫言，远近失望”，但灵帝惑于常侍，不能用。郎中谢弼也上书指蛇为女子之祥，重申窦太后立灵帝，不应被家族所累，如今却被幽禁在空宫，灵帝既然以桓帝为父，就应该以太后为母。谢弼因此言而被灵帝身边的宦官排挤，弃官回到东郡家乡后，又被东郡太守曹绍（曹节从子）捕杀。

窦武虽然被诛杀，但汉灵帝还是念及太后窦妙援立自己为帝的功劳。

建宁四年（171年）十月初一日，率领群臣到南宫朝拜太后窦妙，亲自奉献祝寿。黄门令董萌多次为太后窦妙申诉怨忿，汉灵帝一一采纳，供养资奉比以前有所增加。中常侍曹节、王甫疾恨董萌依附帮助太后窦妙，便诬陷他毁谤汉灵帝母亲董氏（董太后），将董萌下狱而死。

熹平元年（172年）六月，窦妙的母亲在比景县去世的消息传来，窦妙因母亲的逝去而忧郁成疾，于初十日（7月18日）病逝。

宦官依然怀恨于窦氏，用衣车载窦妙的尸体置于城南市舍数日，曹节、王甫还想仅仅用贵人礼葬之，灵帝仍念窦妙迎立自己，表示：“太后亲立朕躬，统承大业。《诗》云：‘无德不报，无言不酬。’岂宜以贵人终乎？”曹节又提出葬窦妙于别处，由冯贵人配享桓帝。灵帝为此诏公卿会议。太尉李咸正生病，对妻儿曰：“若皇太后不得配食桓帝，吾不生还矣！”会议时，廷尉陈球说：“皇太后以盛德良家，母临天下，宜配先帝，是无所疑。”“皇太后自在椒房，有聪明母仪之德；遭时不造，援立圣明承继宗庙，功烈至重。先帝晏驾，因遇大狱，迁居空宫，不幸早世，家虽获罪，事非太后，今若别葬，诚失天下之望。且冯贵人冢尝被发掘，骸骨暴露，与贼并尸，魂灵污染，且无功于国，何宜上配至尊（指冯贵人曾被盗墓奸尸，不宜再配享桓帝）！”又说：“陈（陈蕃）、窦既冤，皇太后无故幽闭，臣常痛心，天下愤叹！今日言之，退而受罪，宿昔之愿也！”李咸及公卿以下都赞同。曹节、王甫仍然举先前获罪的汉朝皇后为例，争执窦氏有大罪不宜和先帝合葬，李咸又上疏一一驳斥，且指出：“今长乐太后尊号在身，亲尝称制，且援立圣明，光隆皇祚。太后以陛下为子，陛下岂得不以太后为母！子无黜母，臣无贬君，宜合葬宣陵，一如旧制。”汉灵帝看后从其所奏，窦妙终得与汉桓帝合葬于宣陵，谥号桓思皇后。

窦妙任用了大量“女尚书”，一天从早到晚女尚书都在窦太后身侧，窦妙多次任用女尚书出宣诏命，并对女尚书们有所封拜。

窦妙临朝时，宦官中常侍管霸颇有才略，专制省内。窦武便劝窦妙逮捕中常侍管霸、苏康等人，于是窦妙将这批宦官全部下狱处死。接着窦武又劝窦妙诛杀曹节等人，窦妙犹豫未决。

窦妙临朝后，广征天下名贤，如李膺、杜密、尹勋、刘瑜等，皆列于朝廷，让他们共同参与政事。于是天下之士，无不“延颈想望太平”。

建宁元年（168年）段颎在逢义山大破先零羌，斩首八千，俘获牛马羊28万头。当时太后窦妙临朝，下诏说：“先零东羌历年为害，段颎从前陈述情况，认为必须扫灭。他履霜冒雪，白天晚上快速行军。身当矢石，使战士感奋。不到十天，敌寇便逃跑溃散，尸体相连，活捉不少，掳获无法统计。洗雪了百年来的败恨，安慰了忠将的亡魂，功劳显著，朝廷极为嘉赏他。等到东羌完全平定，应当一起记他的功勋。现在赐段颎钱二十万，用他家一人为郎中。”

同时，窦妙还下令中藏府调拨金钱彩物，增助军费，任命段颎为破羌将军。

同年夏，段颎再追击羌出桥门，到走马水上。不久，听到消息，虏在奢延泽，于是率轻快部队快速前进，一日一夜走二百多里，早晨追到贼，击败了他们，剩下来的寇虏，逃到落川，又集合起来。段颎于是分别派骑司马田晏率五千人出其东面，假司马夏育带二千人绕其西面，羌兵分六七千人围攻田晏等，田晏等与其战斗，羌人溃散逃走。

段颎率军急进，与田晏等一起追击于令鲜水上。段颎士卒又饥又渴，于是命令部队齐头并进，夺其水，羌人又溃散逃走。段颎尾追其后，羌人边战边退，一直追到灵武谷。段颎披甲率先上阵，战士没有敢于不前的。羌人大败，丢弃武器逃走。追击了三天三夜，战士的脚起了层层厚茧。一直追到泾阳，羌人余部四千部落，全部分散进入汉阳山谷之间。