1993年，任北京科技大学副校长。

1994年4月—2000年5月，任北京科技大学副校长、教授。

1997年，当选中国科学院数理学部院士。

2000年5月，任清华大学物理系教授。

2001年，任清华大学校学术委副主任，并建立起科技部国家863新材料模拟设计实验室清华分室。4月，任清华大学物理系教授。

陈难先在国际上明确提出凝聚态物理和应用物理中玻色、费米及晶格三大类逆问题，并发展了独特而系统的方法，得到一系列新结果。在晶格比热逆问题研究中发展并统一了爱因斯坦与德拜的经典工作，在凝聚态物理的应用方面有首创性；黑体幅射逆问题的普遍解为遥感和天体物理学的应用提供了新方法。以上工作曾得到英国《Nature》杂志主编整版评论，认为是开创性工作，方法十分巧妙。另外，《Physical Review》《Physics Letters》等重要杂志也都有专门评述，命名陈定理。在核结构、电路分析幻方变换群、静电屏蔽、薄膜光学性质、调制法。

陈难先的主要研究领域有：1、建立了比热逆问题的普遍解，推广和统一了爱因斯坦解与德拜的解；2、在国际上开创用数论方法由结合能曲线得出原子间对势的简捷而严格的公式，并结合虚拟结构设计解决了一系列原子间、离子间和原子与离子间相互作用势的建立问题。并和国际先进软件平台接轨，建立了面向国家目标和有系列性、含自主原创性内容的科技部材料模拟设计实验室；3、针对中国稀土资源丰富，建立了国际上未曾解决的稀土原子相关的原子间相互作用势。对1:12，2:17，3:29等上百种新型稀土化合物的结构参数的计算得到了最好的结果。并预测了4:41的结构特征，与中科院物理所合作在实验上作出了初步确认，并发表了关于新型稀土金属间化合物的原子级模拟的文章多篇；4、建立了第一原理离子相互作用势的系统方法，并用分子动力学模拟高压相变和熔解等等，计算结果与实验符合；5、建立了以第一原理计算与数论反演为基础的界面两侧离子—原子间相互作用势的公式。

1998年哈佛大学Bazant也有20多页专论，评论陈难先的一系列工作, 认为陈难先在数论反演方法对凝聚态物理的应用方面有首创性。1998年开始，MIT（麻省理工学院）已由此而开出一门新课来。在结合物理应用的有关方面，他领导的小组一直是国际领先的。

1. Zhang S, Chen NX, Determination of the B1-B2 transition path in RbCl by Mobius pair potentials, PHILOS MAG 83 (12): 1451-1461 APR 21 20032. Chang H, Chen NX, Liang JK, et al., Theoretical study of phase forming of NaZn13-type rare-earth intermetallics, J PHYS-CONDENS MAT 15 (2): 109-120 JAN 22 2003

3. Zhang S, Chen NX, Lattice inversion for interionic pair potentials, J CHEM PHYS 118 (9): 3974-3982 MAR 1 2003

4. Zhang S, Chen NX, Energies and stabilities of sodium chloride clusters based on inversion pair potentials, PHYSICA B 325 (1-4): 172-183 JAN 2003

5. Hao SQ, Chen NX, Shen J, Phase stability and site preference of Nd2Fe17-xTx (T=V, Ti, Nb) and Nd2-xZrxFe17, J ALLOY COMPD 343 (1-2): 53-59 SEP 16 2002

6. Zhang S, Chen NX, Ab initio interionic potentials for NaCl by multiple lattice inversion, PHYS REV B 66 (6): art. no. 064106 AUG 1 2002

7. Ge XJ, Chen NX, Zhang WQ, et al., Selective field evaporation in field-ion microscopy for ordered alloys, J APPL PHYS 85 (7): 3488-3493 APR 1 1999

8. Cong WX, Chen NX, Gu BY, Recursive algorithm for phase retrieval in the fractional Fourier transform domain, APPL OPTICS 37 (29): 6906-6910 OCT 10 1998

9. Chen NX, Ge XJ, Zhang WQ, et al., Atomistic analysis of the field-ion microscopy image of Fe3Al (vol 57, pg 14203, 1998) PHYS REV B 58 (13): 8842-8842 OCT 1 1998

10. Wei YC, Chen NX, Square wave analysis, J MATH PHYS 39 (8): 4226-4245 AUG 1998

11. Chen NX, Ge XJ, Zhang WQ, et al., Atomistic analysis of the field-ion microscopy image of Fe3Al, PHYS REV B 57 (22): 14203-14208 JUN 1 1998

12. Chen NX, Rong EQ, Unified solution of the inverse capacity problem (vol 57, pg 1302, 1998), PHYS REV E 57 (5): 6216-6217 Part B MAY 1998

13. Chen NX, Rong EQ, Unified solution of the inverse capacity problem, PHYS REV E 57 (2): 1302-1308 Part A FEB 1998

14. Zhang WQ, Xie Q, Ge XJ, et al. , Interatomic potentials between distinct atoms from first-principles calculation and lattice-inversion method, J APPL PHYS 82 (2): 578-582 JUL 15 1997

15. Chen NX, Zhang CF, Zhou M, et al., Closed-form solution for inverse problems of Fermi systems (vol 48, pg 1558, 1993), PHYS REV E 55 (4): 4830-4830 APR 1997

16. Chen NX, Chen ZD, Wei YC, Multidimensional inverse lattice problem and a uniformly sampled arithmetic Fourier transform, PHYS REV E 55 (1): R5-R8 Part A JAN 1997

17. Chen NX, Chen ZD, Liu SJ, et al., Algebraic rings of integers and some 2D lattice problems in physics, J PHYS A-MATH GEN 29 (17): 5591-5603 SEP 7 1996

18. Xie Q, Chen NX, Matrix-inversion method: Applications to Mobius inversion and deconvolution, PHYS REV E 52 (6): 6055-6065 Part A DEC 1995

19. XIE Q, CHEN NX, UNIFIED INVERSION TECHNIQUE FOR FERMION AND BOSON INTEGRAL-EQUATIONS, PHYS REV E 52 (1): 351-355 Part A JUL 1995

20. LI M, CHEN NX, MOBIUS-INVERSION TRANSFORM FOR DIAMOND-TYPE MATERIALS AND PHONON DISPERSIONS, PHYS REV B 52 (2): 997-1003 JUL 1 1995

21. XIE Q, CHEN NX, RECOVERY OF AN N-BODY POTENTIAL FROM A UNIVERSAL COHESION EQUATION, PHYS REV B 51 (22): 15856-15860 JUN 15 1995

22. CHEN NX, ZHANG CF, ZHOU M, et al., CLOSED-FORM SOLUTION FOR INVERSE PROBLEMS OF FERMI SYSTEMS, PHYS REV E 48 (2): 1558-1561 AUG 1993

23. CHEN NX, REN GB, CARLSSON-GELATT-EHRENREICH TECHNIQUE AND THE MOBIUS-INVERSION THEOREM (PHYS REV, VOL 45, PG 8177, 1992), PHYS REV B 47 (1): 593-593 JAN 1 1993

24. CHEN NX, UNIFIED EXPRESSION FOR FERMI AND BOSE DISTRIBUTIONS, PHYS REV A 46 (6): 3538-3539 SEP 15 1992

25. CHEN NX, REN GB, CARLSSON-GELATT-EHRENREICH TECHNIQUE AND THE MOBIUS-INVERSION THEOREM, PHYS REV B 45 (14): 8177-8180 APR 1 1992

26. CHEN NX, CHEN Y, LI GY, THEORETICAL INVESTIGATION ON INVERSION FOR THE PHONON DENSITY OF STATES, PHYS LETT A 149 (7-8): 357-364 OCT 8 1990

27. CHEN NX, LI GY, THEORETICAL INVESTIGATION ON THE INVERSE BLACK-BODY BADIATION PROBLEM, IEEE T ANTENN PROPAG 38 (8): 1287-1290 AUG 1990

28. CHEN NX, MODIFIED MOBIUS INVERSE FORMULA AND ITS APPLICATIONS IN PHYSICS, PHYS REV LETT 64 (11): 1193-1195 MAR 12 1990

29. CHEN NX, RABII S, ABINITIO CALCULATION OF THE OPTICAL-SPECTRA OF GRAPHITE, PHYS REV B 31 (12): 8242-8243 1985

30. CHEN NX, RABII S, THEORETICAL INVESTIGATION OF THE OPTICAL-SPECTRA OF LIC6, PHYS REV B 31 (8): 4784-4791 1985

31. CHEN NX, RABII S, ABINITIO CALCULATION OF THE OPTICAL-SPECTRA OF LIC6 AND THE ORIGINS OF ITS PLASMONS, PHYS REV LETT 52 (26): 2386-2389 1984

2014年11月15日上午，陈难先院士做客北京科技大学数理学院“理学之美”名师讲坛第二讲，并做了题为“科学技术中的几个反问题”的学术报告。

2019年3月17日上午，陈难先访问低维光电材料与器件湖北省重点实验室。

据2021年7月清华大学物理系官网显示，陈难先教授的课程有《数论反演变换及其物理应用选讲》和研究生课程（2003和2004年春季学期）。

陈难先提醒广大学子，不能把创新庸俗化，不能为了创新而创新。很多基本数据需要几十年、上几百年的积累。许多正问题的结论也需要在各种不同条件下进行检验，而这恰恰是反问题建立的基础。要不断有科研命题的自觉更新，要从成果创新的层面走向方法创新、命题创新、系统创新。

陈难先是爱国民主人士陈叔通老人之孙。

陈老先生非常健谈，思维快，逻辑清晰。（北京大学深圳研究生院评）

陈难先院士对北京科技大学理科发展做出了重要贡献，也为莘莘学子以兴趣为导向投身科学事业并获得成功树立了榜样。（时任北京科技大学党委书记罗维东评）

陈难先淡泊名利、甘为人梯，长期工作在科研和教育一线，为北京科技大学物理学科和材料学科的发展做出了巨大贡献，为北京科技大学的发展做出了杰出贡献。陈难先是北京科技大学物理学科的重要建设者和传承人。（北京科技大学党委书记武贵龙评）